Fujitsu Hungary

Hogyan alakítja át a Big Data analitika a rákkutatást

2018. május 17. - Fujitsu Hungary

ke_p1_5.jpgDr. Bissan Al-Lazikanitől, a The Institute of Cancer Research (ICR) rákkutató intézet adattudományi vezetőjétől megtudtuk, miért játszik fontos szerepet a nagy adatvolumenek integrálásának és elemzésének képessége a hatásos rákgyógyszerek felfedezésében.

A rák komoly kihívást jelent az emberiségnek. A világon minden 100 emberből negyvennél kialakul élete során a betegség valamely formája. A rákkutató közösségen belül sokan úgy vélik, hogy a rák gyógyszerét nem tisztán orvosbiológiai kutatások útján fogják megtalálni, hanem valahol a rákbiológia, a matematika, a gépi tanulás és az adatanalitika keresztmetszetében. Ennek alapján már nem is annyira meglepő, hogy épp egy adattudósra bízták a rák sikeres kezelésére – és végső soron legyőzésére – alkalmas gyógyszert kereső kutatók, tudósok és fejlesztők csapatának irányítását.

A biológia és az informatika között valójában nem is olyan nagy a távolság. Dr. Bissan Al-Lazikani, az ICR vezetője elmondta, hogy szakterülete, a számítógépes biológia már több mint 50 éve létezik. „Maga az ötlet abból ered, hogy a biológiában nagyon sok az információ. Korán egyértelművé vált, hogy matematikai és adatanalitikai módszereket kell alkalmaznunk a biológia terén gyűjtött információkra.”

Az ICR adattudományi vezetőjeként Al-Lazikani maga is óriási adattömeggel dolgozik, amit a rákdiagnózis és -kezelés során gyűjtenek össze a betegekről. „Korábban elképzelhetetlen mennyiségű adat felhalmozására vagyunk képesek” – jelenti ki, hozzáfűzve, hogy ha csapata össze tudná gyűjteni az összes olyan adatot, amelynek birtokában testre szabott kezelést lehetne nyújtani egy betegnek, ez mintegy 50 terabájt adatot jelentene egy főre vetítve. Csak az összehasonlítás kedvéért: a Hubble űrteleszkóp 45 terabájt adatot generált működése 20 éve során.

És bár lehet, hogy Al-Lazikani és csapata egyelőre még nem tud ekkora adatvolument összegyűjteni minden egyes beteg esetében, máris több petabájtnyi, különféle forrásokból (betegek mintái, géntérképek, orvosi képek, laboreredmények, kísérleti és farmakológiai adatbázisok) származó adatot kezelnek.

Al-Lazikani nem fél attól, hogy elborítja őket az adatáradat: „Az adattudományban és az adattudósokban az a nagyszerű, hogy határtalan az adatéhségünk. Nekünk az adatokból egyszerűen soha nem elég.”

ke_p2_4.jpg


Megalapozottabb, gyorsabb döntések

 

Az egyre nagyobb adattömeg gyűjtésének és elemzésének előnyei felülmúlják a technikai kihívásokat, például az adattárolás nehézségeit. „Végre sokkal megalapozottabban dönthetünk arról, milyen kezelést érdemes adni egy betegnek a konkrét betegség legyőzéséhez. Korábban elképzelhetetlen mélységekben kezdjük megérteni a rák komplexitását. Ez valóban forradalmasítja a gyógyszerkutatást.”

Al-Lazikani számítástechnikai háttere kulcsszerepet játszik annak a problémának a megoldásában, amit a rák kezelésében hatásos gyógyszerek keresése jelent. Szakértelme segíthet felgyorsítani a rákgyógyszer-kutatás folyamatát. Elmondása szerint például Big Data elemzés segítségével határozzák meg, mely területre érdemes a tudósoknak összpontosítaniuk erőfeszítéseiket. „Rendkívül sokféle úton folyhat a gyógyszerkutatás, és vannak közöttük olyanok, amelyekre hiába pazarolnánk sok évet és sok száz munkaórát, a végén zsákutcába jutnánk. Ezért feltesszük a kérdést: »Fel tudjuk használni valamilyen módon a számunkra elérhető közösségi tudás egészét arra, hogy jobb döntéseket hozzunk, és olyan területekre koncentráljuk, amelyek érdemi eredményekkel szolgálnak a rákkutatásban?« Az első kihívás valójában az volt, hogy összegyűjtsük ehhez az összes elérhető adatot.”


Al-Lazikani és csapata létrehozta a világ legnagyobb rákkutatási tudásbázisát, a canSAR-t, amely tartalmaz minden általuk gyűjtött információt. A platform – amely valójában a rákkal kapcsolatos nyilvános szolgáltatási motor – rendezi és integrálja a tudomány különböző területeiről származó adatokat. Ily módon a kutatók kérdéseket tehetnek fel a platformnak, és gyorsan megkapják a választ, amelynek manuális megkereséséhez egyébként hetekre lenne szükségük. A canSAR nyilvános erőforrás, amelyet már több mint 200 ezer tudós vett igénybe.

 

Adatmegosztás

 

A betegadatok megosztásához legjobb esetben is sokan fenntartással viszonyulnak, ha éppen nem pánikkal és elutasítással reagálnak rá. Al-Lazikani beismeri, hogy sok nyugtalanító kérdés merült fel ezen a területen: „Az adatmegosztás, főleg, ahogy azt néha a médiában tárgyalják, kellemetlen meglepetésekkel teli rémálommá válhat.”

A valóságban azonban a rákgyógyszer-kutatásban ez nem jelent megoldhatatlan kihívást. Al-Lazikani elmondása szerint az adatokkal kapcsolatos problémák jellemzően két érintett félhez kötődnek: a beteghez, akinek az adatait felhasználják, és a gyógyszercéghez, amely szeretné megóvni a gyógyszer által képviselt szellemi tulajdont.  Tudományos nonprofit intézmény lévén az ICR prekompetitív módon működhet, és az egész közösséggel megoszthatja tudását.

„Olyan sok a teendőnk a rákkutatás és a rákgyógyszerek keresése terén, hogy nem engedhetjük meg magunknak a titkolózást. Jó hír, hogy úgy öt éve már a gyógyszercégek is egyre inkább hajlandóak a prekompetitív együttműködésre. Azt hiszem, a gyógyszerkutatások terén most a többség úgy gondolja, hogy nagyon fontos megosztanunk egymással a tudást a korai szakaszban, és ráérünk sokkal később, a konkrét gyógyszerfejlesztés idején foglalkozni a szellemi tulajdon kérdésével.”

Ami pedig a betegadatokat illeti, az ICR által végzett kutatások nagy része anonimizált adatokkal folyik. Al-Lazikani tapasztalata szerint maguk a betegek gyakran szívesen rendelkezésre bocsátják adataikat az elemzéshez, mivel látják, hogy ez milyen előnnyel jár rájuk és a tágabb közösségre nézve. És sokszor inkább a tudósok aggódnak a megfelelési problémák miatt, mint az érintettek. Al-Lazikani úgy véli, hogy e dilemma feloldásához a jövőben jobban be kell vonni a betegeket a kutatásba, és nyílt párbeszédet kell folytatni velük az adatok felhasználásáról. „Minél több adatot gyűjtünk, és minél több betegprofilt határozunk meg, annál intelligensebbek lesznek a számítógépes algoritmusok, és annál eredményesebben kutathatunk a rák gyógyszere után” – hívja fel a figyelmet Dr. Bissan Al-Lazikani az adatmegosztás fontosságára.

 

Fujitsu Magyarország

Forrás:

Fujitsu i-CIO elektronikus magazin

https://www.i-cio.com/big-thinkers/bissan-al-lazikani/item/how-big-data-analytics-is-transforming-cancer-research

 

A bejegyzés trackback címe:

https://fujitsuhungary.blog.hu/api/trackback/id/tr4513953984

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Géza Szalai FB 2018.05.23. 13:54:50

Vajon az imádott GDPR-korszakban mi lesz az ilyen esetekben képződő rengeteg adattal? Mert ennél személyesebb információt nem nagyon tudok elképzelni...
süti beállítások módosítása